Kreivi Pietari Brahe perusti Suomen ensimmäisen yliopiston, Kuninkaallisen Turun Akatemian, vuonna 1640. Suomen sodan jälkeen yliopiston nimi muutettiin Keisarilliseksi Aleksanterin-Yliopistoksi, joka myöhemmin Turun palon jälkeen siirtyi Helsinkiin. Suomen itsenäistyttyä vuonna 1917 yliopiston nimi vaihtui vielä kerran Helsingin yliopistoksi. Åbo Akademi perustettiin vuonna 1918.

Yrityksiä perustaa kuoro ylioppilaskunnan yhteyteen tehtiin jo 1920-luvulla, mutta ne venyivät aina syksyyn 1937 saakka, jolloin Åbo Akademin ylioppilaskunta sai oman kuoronsa. Studentkören Brahe Djäknar perustettiin tuolloin musiikista kinnostuneiden aloitteesta johtaja John Rosasin ottaessa ohjat käsiinsä. Nimi "Brahe Djäknar" tarkoittaa Brahen oppipoikia, mikä täten viittaa Kuninkaallisen Akatemian perustajaan Pietari Braheen. 

Kuoroa johti vuodesta 1937 John Rosas aina vuoteen 1955 saakka, jolloin hän jätti kuoron 15-vuotisjuhlavuotena yhdistyksen vuosikokouksessa. Rosasia seurasi Gottfrid "Gotti" Gräsbeck, josta tulikin kuoron pitkäaikainen johtaja. Gräsbeck ryhtyi myös ensimmäisen virkavuotensa aikana vuonna 1944 perustetun naiskuoro Florakörenin johtajaksi. Samana vuonna (1956) kuoron sisarkuoro Florakören esiintyi BD:n kanssa adventtikonsertissa Turun tuomiokirkossa. Gräsbeckin aikana kuoro saavutti useita virstanpylväitä, kuten toimitilojen saaminen Sibelius-museosta, voitto Lunds Studentsångaren järjestämässä kuorokilpailussa vuonna 1969, Carl Orffin Carmina Buranan esitys, kolmas sija BBC:n kansainvälisessä kuorokilpailussa vuonna 1978, kuoron 50-vuosijuhla ja kuoron ensiesiintyminen Turun kaupungin Vartiovuorenpuistoon rakennuttamalla pysyvällä estradilla. Estradin rakentaminen oli aikaisemmin kuoron vastuulla ennen jokaista vappukonserttia.

Gottfrid Gräsbeckin kolmikymmenvuotisen uransa jälkeen hänen seuraajakseen ryhtyi aikaisemminkin BD:ssä laulanut Ulf Långbacka vuonna 1991. Långbacka oli myös Gräsbeckin jatkaja Åbo Akademin musiikin lehtorina. Långbacka ryhtyi samalla Florakörenin johtajaksi. Virkavapautensa aikana vuosina 2000-2001 kuoron virkaatekevänä johtajana toimi Heikki Seppänen. Kymmenen vuotta myöhemmin Långbacka sävelsi kansanoopperateoksensa Henrik och Häxhammaren (2010), jolloin kuoronjohtajan sijaisena toimi johtaja Martin Segerstråle. Ulf Långbacka on vuodesta 2010 alkaen toiminut keskeyttämättä sekä kuoron säveltäjänä että johtajana. 

Trappin talo ja Pietari Brahen patsas vuonna 1888. Kuva: Jacob Johan Reinberg.